一、 浸种时间的掌控
通常浸种和药剂消毒同时进行，温度的掌控要既满足浸种、发芽需要，又要满足杀菌的要求以及当时进行操作的外部温度条件。如果单从浸种因素考虑，水温30℃--2天浸透，20℃--3-4天浸透，15℃--5-6天浸透，10℃--7-9天浸透。如果单从杀菌效果考虑，15℃以上温度消毒效果最为理想。但综合考虑，实践验证，通常浸种水温在11-12℃范围，浸种7-9天比较适宜，满足85-100℃积温条件比较理想。
二、掌握“低温浸种”道理
在相对较低的温度下，种子萌动很慢，能够吸饱水分，同时吸水均匀，然后，在同一萌动的起点上再加温发芽，这样发芽整齐。同时低温下物质消耗少，幼苗干重较重，有利于培育壮秧。因此有“低温浸种”一说。
原因一，温度过低，对药剂消毒防治恶苗病和稻瘟病的效果产生不良影响。通常相对高温，药剂消毒效果好；同时，温度过低会导致浸种时间过长，超过10天，因谷粒吸涨萌动，谷壳破裂，给病菌侵入创造了条件，还会造成种子内部淀粉提前转化成麦芽糖和葡萄糖，会造成苗弱现象。如果采用大缸室内浸种，基本满足温度要求，如果遇到低温，适当补充热水调温即可满足要求。但要注意，加水一定要带浸种药剂。
原因二，温度过高，浸种时间缩短，对消毒有利，但导致稻种吸水不均匀，发芽不整齐。如果浸种选在大棚内进行，要盖上遮阳网，控制大棚温度升高。
