随着化肥行业产能过剩，化肥这个商品的特殊性逐渐退去，近几年来，国家对化肥行业的运输、电价、天然气价格等政策也在逐步向普通商品靠拢。化肥优惠政策面临全面取消，市场之手将逐步取代政策支持来推进化肥行业的发展。
运费价格方面：目前，我国化肥铁路运输执行优惠运价，根据2004年国家发改委、铁道部联合发出的通知，具有合法生产、经营资格的企业在全国范围内运输列入 《实行铁路优惠运价的农用化肥品种目录》的农用化肥，均应执行农用化肥优惠运价。但近几年，国家针对放开化肥运价的声音越来越强。相关部门统计，从2008年开始（除2010年没有涨价）每年的农用化肥铁路运价都有13%以上的涨幅。最近一次涨价在2014年2月14日，中国铁路总公司发布通知，对铁路货物平均运价水平每吨公里上调1.5分。同时，中国铁路总公司宣布铁路货物运价由政府定价改为政府指导价。改为政府指导价是铁路货物运价市场化改革的第一步。政府指导价与政府定价相比，增加了浮动幅度的弹性，经营者可以根据情况在限制的幅度范围内向上或向下浮动价格。整车农用化肥铁路运价同额度上调，但是仍免收铁路建设基金，运价率由每吨公里0.0976元上调至0.113元，上涨率为15.77%。
电价方面：与运费不同，各省根据国家发改委2004年下发的 《关于化肥企业生产用电价格的通知》文件和各省电力公司的情况，为中小化肥企业提供电价优惠。《关于化肥企业生产用电价格的通知》要求，对化肥生产用电价格继续实行优惠政策，年生产能力在30万吨以下的单系列合成氨、磷肥、钾肥、复合肥料生产应执行中小化肥电价。虽然各地电价没有完全统一，但有数据显示，参考我国各地区的销售电价表，与同为大工业类别的其他用户相比，各地对中小化肥企业的电价优惠幅度一般在40%以上。近年来，全国工业电价不断上涨，化肥用电价格在优惠的情况下也以相应的幅度上调。然而，去年发改委下发的 《关于调整销售电价分类结构问题的通知》加快了国家取消化肥电价优惠的步伐。本次销售电价分类结构中明确表示，在5年调整过渡期内，将现行大工业用电中的中小化肥企业等用电逐步归并于大工业用电类。
天然气价格方面：2013年6月，国家改委发出通知，决定自2013年7月10日起，调整非居民用天然气门站价格。通知规定，此次非居民用天然气价格调整，将天然气分为存量气和增量气。存量气门站价格每立方米提价幅度最高不超过0.4元，其中，化肥用气最高不超过0.25元。增量气门站价格一步调整到可替代能源（燃料油、液化石油气）的价格。存量气价格调整则分三步实施，计划2015年实现与增量气并轨。今年8月12日，发改委印发《关于调整非居民用存量天然气价格的通知》，宣布自9月1日起调整非居民用存量天然气价格，化肥用气调价措施暂缓出台。此次天然气调价短期内不会给尿素生产和化肥用煤带来明显影响，但《通知》同时指出，用气化肥企业需承担冬季调峰责任。据某企业测算，冬季用气高峰期间，如果气头尿素企业开工率只能达到50%，气头尿素产量每月将减少60万吨。
